然而，这个荒唐的罪名实在证据不足，迟迟未能结案，等到温体仁罢官而去了，郑鄤还在吃牢饭。
崇祯十一年，北京大旱，很久没下雨，地干得像老龟壳。一般在这个时候，皇帝就要大赦天下来安抚民心，朱由检也不例外，他下旨救灾，并要求“陈弊政，宣冤抑”。不少陈年老案就此销了号，大家都以为郑鄤能出来，可郑鄤好像是被针对了那般，依旧不得释放。
郑鄤确实被针对了，而且被针对的远不止郑鄤一个人，准确来说，是东林（包括东林以外）的清流们整体被针对了。郑鄤不过是他们中的一个代表，被推上了风口浪尖罢了。
屋漏偏逢连夜雨，又或许是依旧有人不想放过郑鄤，一名郑鄤的同乡进京，被拉去作证。此人当场就说这案子属实，然后又说郑鄤还有其他不伦行为，但他说完又后悔了，立马改口说这事儿都是传闻而已。
这份没有证据的证词成为了压倒骆驼的最后一根稻草，崇祯十二年八月，郑鄤的判决下来了，和袁崇焕一样，磔之，也就是凌迟处死。死前，郑鄤在狱中感到了无比的悲哀，提笔在纸上画了一个圆圈，然后一点点涂黑了它……
行刑那天，郑鄤终于再次看见了太阳，可这久违的光明竟是最后的送别，炎炎暑气怎么也驱散不了心中的寒冷。他想不明白，为何太阳这么高，世界却还是那么黑，是他瞎了还是别人瞎了？他笑了，笑自己那一腔报国之热血，竟成了如此残酷的一个笑话，荒唐！