1931年，蒋介石破格提拔了杨永泰，把他直接提升为国民政府军事委员会秘书长，就这样摇身一跃，杨永泰就成为了蒋介石的首席智囊。
掌握了大权的杨永泰不禁有些膨胀，也暗地里打起了自己的主意。他利用各种机会四处去扩充政学系的势力，但凡是各个省政府改组的时候，报上来的任职名单中要是没有几个政学系的人担任主要厅长，那他一准会在其中动手脚。如此一来，这报上来的任职名单就得不到蒋介石的批准。
有一段时间，蒋介石长期都住在南昌或是庐山主持“剿共”事宜，而南京的国民政府，则是靠遥控指挥。这样一来，这行营秘书处就成了行政院。这期间，杨永泰主管行营秘书处的工作，权力极大，脾气也大。所有的国民党官员都不敢招惹杨永泰，每次去面见蒋介石汇报的时候也都暗自祈祷，希望杨永泰千万不要找自己的麻烦。
对于这些来面见蒋介石的国民党官员，杨永泰也有他的原则。他只对付三种人，第一种就是官员与蒋介石所谈的问题与自己的政见不合。第二种就是官员与蒋介石所谈的事情对政学系不利。第三种就是来访的官员他不喜欢。这一点实在是让人很苦恼，因为这全凭他个人的喜好，压根就没有规律性可言。例如来访的官员长相不好看，他看着觉得碍眼，就很有可能跟着去捣乱一番。搞得这类官员往往都是丈二的和尚摸不着头脑，就是想破了头皮也都不知道自己究竟是哪里得罪了杨永泰。