武汉失守后，蒋介石于1938年11月25日至28日在湖南南岳召开了军事会议。会议对第一时期的抗战作了小结，并提出了第二时期抗战的任务和要求。会议还根据已经变化了的战场态势，重新划分了战区，撤销了广州、西安、重庆各行营，重新设立桂林、天水两个行营，统一指挥南北两个战场。同时，会议决定在沦陷区设立战场党政委员会，直属军事委员会领导，各沦陷区设立分会。会后，军事委员会制定了《第二期作战指导方针》，把共产党领导的解放区战场摆在抗日战争主要的战场地位。
在第二时期各阶段的诸多战斗中，蒋介石虽然没有像第一时期那样努力，但是这些战斗还是在以蒋介石为首的军事委员会指导下进行的。蒋介石多次与手下将领作过研究，并亲自下过不少战斗的指令。
太平洋战争爆发后，由美、英、苏、中领衔的26国联盟在美国总统罗斯福的提议下，蒋介石被推举为中国战区最高统帅，担负起中国、泰国、越南地区联军部队的总指挥。在反法西斯斗争进入决定性胜利的前夕，蒋介石作为中国战区最高统帅、中国国民革命军海陆空军大元帅、军事委员会委员长，对他指挥的部队的战斗序列又作了重新调整，为最后取得抗日战争的胜利，作出了自己的努力和贡献。
6. 蒋介石发动内战惨遭溃败