第三，人文科学具有滞后性或后起性。19世纪，实证主义的科学哲学家孔德，按照研究方法将科学由低级到高级的发展经历描画为神学、形而上学和实证三个阶段，并借以指出，数学称得上是所有科学的皇后，最为严密完整，物理学已达到实证水平，生物学已进入形而上学阶段，而社会学则还处于神学阶段。当今世界虽然早已不是孔德所处的时代，人文社会科学更是获得了空前的发展，但无论研究手段方法还是研究成果水平，都还滞后于自然科学。爱因斯坦在分析物理学与实在的关系时，也曾对科学理论的层次性作过一段精辟的阐述。他指出，科学理论可以分为三级体系，第一级体系是由科学用到的全部原始概念，即那些同感觉经验直接联系的概念以及联系这些概念的命题所组成的经验知识体系，这种体系的组合还带有较大的随便性，属于低等级低水平的体系。第二级体系是由第一级体系中的原始概念和原始关系按照一定的逻辑规则推导出来的数目较少的概念和关系的一般理论知识体系，这一级体系的建构具有较高的逻辑统一性。第三级体系是由第二级体系中的少数基本概念和关系按照严密的逻辑规则推导出来的科学公理体系，它在更深的层次上更加集约和概括地反映了事物的本质和全部，因而离现象世界也更远。任何一门科学，从初建到成熟，大致都要经历这三个阶段，由第一阶段向第二阶段的跃升，沿着归纳的路线，属于粗放型的经验科学形成过程；由第二阶段向第三阶段的跃升，沿着演绎的路线，属于成熟型的理论科学的形成过程。相对而言，现代人文社会科学研究中的绝大多数还大致处于前者水平，而自然科学中的绝大部分研究则已达及后者的高度。