两次辩论会后，苏黎世雷厉风行地实行改革。1524年4月，决定废除圣像、圣物、弥撒，用当地语言礼拜（1529年，苏黎世版《圣经》出版）。年底，开始没收教产，用来开办济贫所、医院和学校，禁止贩卖雇佣兵和接受外国津贴，同时，资产阶级和行会控制的大议会权力日增，终于取代小议会执掌市政权力。
随着各项改革的实施和运动的深入，广大群众认为，与一切压迫者算账的时候到了。1524年秋，苏黎世、沙弗豪森、土尔郜和圣加伦发生主要由再洗礼派领导的农民起义，并且和南部德国的起义农民彼此呼应，连成一片。在农民起义的压力下，1525年上半年，苏黎世政府宣布废除农奴制和什一税，取消贸易限制。德国农民战争的失败，给瑞士农民起义带来十分不利的影响。苏黎世政府乘机取消已经答应的让步，许多农民起义的领导人被捕入狱。这时，慈温利鼓吹政权是神授的，必须服从。他还发表《论洗礼》（1525年）、《反对洗礼的骗局》（1527年）等文章，攻击再洗礼派并参与对它的迫害。农民起义的失败，缩小了慈温利宗教政治改革的社会基础。
1528年1月，富裕的伯尔尼改宗慈温利的新教，与苏黎世实行联合，这是苏黎世宗教改革和统一瑞士进程中的一件大事。至此，圣加伦、沙弗豪森、格拉鲁斯、巴塞尔、阿彭策尔以及德国南部的斯特拉斯堡和米尔豪森（亚尔萨斯），都先后改宗慈温利的新教，宗教改革运动迅速发展起来。