康熙二十五年(1686)五月，御吏敦拜条奏，请严定关差缺额处分。康熙皇帝批示：“关差缺额处分，自有定例。若法令太严，必致苦累商贾。所奏无益，不准行。”康熙二十六年(1687)七月，户部奏报，浒墅关监督桑额任内，除完成征收正额外，溢银二万一千二百九十六两有奇，康熙皇帝十分气愤地说：“设立榷关，原欲稽查奸宄，照额征收，以通商贾。桑额征收额课，乃私封便民桥，以致扰害商民，著该衙门严加议处。关差官员理应洁己奉公，照律征收。嗣后有不肖官员希图肥己，种种强勒，额外横征，致害商民，亦末可定，尔等通行严饬。”这表明了康熙皇帝发展商业、富国强民的思想倾向。
康熙皇帝还统一了度量衡。康熙四十二年(1703),废除金石、关东斗，规定直隶各省一律改为底面平直升、斗，并亲自校准了铁升、铁斛。康熙五十七年(1718)又规定称以十六两为一斤，并通行全国，这无疑消除了商品交换中由于度量衡不统一造成的障碍。
康熙皇帝极力反对各种增加商税的行为。如康熙二十一年(1682),两淮巡盐御史堪泰请求每斤盐加课银三钱，康熙皇帝批示：“若依其言，必致商民交困，不准行。”潼关税额原为七千多两，康熙十九年(1680)遣郎中敦多礼督征，收税银四万多两。康熙皇帝于二十一年(1682)谕令“数年以来，秦省兵民苦于转运，潼关税收依照旧额”,撤回税监。康熙二十五年(1686)六月，闽海税务督理吴什巴因到闽省看到贸易之人皆非土著，要求康熙皇帝批准按广东关榷一例“丈船抽税”,康熙皇帝批示：“凡收海税官员。因系创行设课，希图盈溢，将出入商民船只任意加征，以致病商累民，亦未可定。着严加申饬，务令恪遵定例，从公征收，无滥无苛，以副朕轸恤商民至意，所请不准行。”随后两淮盐课减征二十万两，并谕大学士等曰：“广东海关收税人员搜检商船货物，概行征税，以致商船稀少，关税缺额。且海船亦有自外国来者，如此琐屑，甚觉非体。着减税额三万二百八十五两。”